L'attività dei caffè-scienza è gestita dall'omonima Associazione Culturale, che ha la sua sede principale presso l'Istituto dei Sistemi Complessi del CNR, Sezione di Firenze, che si trova al Polo Scientifico di Sesto Fiorentino. Una sede operativa si trova presso il Centro per lo Studio di Dinamiche Complesse (CSDC), Dipartimento di Fisica dell'Università di Firenze (via G, Sansone 1, sempre al Polo Scientifico di Sesto Fiorentino), e presso lo studio di Franco Bagnoli, Dipartimento di Energetica dell'Università di Firenze, in via Santa Marta 3. Dal 2007 i caffè-scienza si svolgono presso il circolo SMS di Rifredi, in Via Vittorio Emanuele II 303, vicino a Piazza Dalmazia. Dal 2010 si organizzano anche delle cafferenze, ovvero di caffè-scienza con un solo esperto e con una parte introduttiva più lunga, per la maggior parte alla Biblioteca delle Oblate.